微生物は醸造、食品、医薬、農薬および化学製品などの生産を通じてバイオテクノロジーの中心的役割を果たしており、その多様な機能は作物の病害防除や生長促進、エネルギー生産、さらには環境保全などにも役立てることができる。本講義では応用微生物学の基本概念と発展の歴史、各種微生物（細菌、放線菌、古細菌、真菌類、酵母、藻類等）の形態と分類（数値分類、化学分類、分子系統解析）、微生物細胞の構造と機能について学ぶ事ができる。本講義は応用微生物学IIと生物工学実験IIIと密接に関連する基礎知識を身に付ける事ができる。